C'est durant la période romaine que cette région se développa et acquit une certaine notoriété. Alors connue sous le nom de Civitas Ossobonensis ses limites s'étendaient jusqu'à l'actuelle ville de Tavira, et comprenait diverses "villae" avec des activités spécifiques industrielles, rurales et maritimes. Ce passé historique est confirmé par les trouvailles des fouilles archéologiques de la ville que l'on peut voir au Musée Archéologique Infant D. Henrique, et par les ruines de Milreu, situées aux alentours de Faro.
Au IXè siècle, elle devient Santa Maria Ibn Harun, prenant le nom de la famille arabe qui gouvernait ces terres. Le toponyme donnera origine, à l'actuel Faro. Durant la domination musulmane la pratique du culte chrétien fut autorisée, ce qui explique la permanence de "Santa Maria" dans le nom. Au-delà des vestiges archéologiques de cette période, la Porte Arabe (integrée à la Voûte de la Ville) nous rappelle l'une des entrées au centre ceint de murailles, appelé Vila-Adentro .
Vila-Adentro sera définitivement conquise par les chrétiens en 1249, pendant le règne de D. Afonso III. La Sé Cathédrale est alors construite à l'emplacement de l'ancienne Mosquée et les murailles sont renforcées, symboles d'une nouvelle domination.
Au XVIè siècle, Faro devient un important pôle commercial du Algarve, et conserve cette fonction durant les siècles qui suivirent. En 1540 la ville fut élevée au rang de siège de l'Evêché, qui jusque là était Silves. Un majeure partie des monuments religieux de Faro datent de cette époque, la richesse économique étant visible dans l'Eglise de la Misericórdia et dans les couvents de São Francisco, de Nossa Senhora da Assunção (adaptée en Musée Archéologique Infant D. Henrique), de Santiago Maior et de Santo António dos Capuchos.
Au XIXè siècle, Faro fut administrativement réorganisée avec la centralisation des pouvoirs régionaux et devint l'une des plus importantes villes du Algarve. La noblesse et la bourgeoisie y firent construire leurs maisons semblables à des palais et les familles les plus riches possèdent une maison secondaire dans les environs, parmi lesquels s'illustre l'impressionnant Palais de Estói.
Au-delà du patrimoine architectonique déjà mentionné, une visite à Faro doit inclure une visite en famille au récent Centre Ciência Viva, un intéressant lieu consacré aux plus petits.
Aux alentours de la ville, il est important de rappeler la beauté du Parc Naturel de Ria Formosa.
